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共生菌类不像上述各类菌那样，有了适宜的基质就可以生长至完成生活史——形成子实体。这类菌绝大数必须与植物的根共生形成菌根，才能形成子实体，完成生活史。也常称作菌根菌。菌根菌的菌丝体在腐生条件下可以生长，但不能形成子实体。自然界中存在的大型真菌，多数是共生菌，如与某种禾本科草本植物共生的口蘑，与松树共生的松茸、松乳菇、块菌、牛肝菌等。在食用菌中非常有趣的是鸡纵与白蚁的共生。凡在地面上有鸡纵发生，地下必有白蚁窝。这是很典型的与动物共生的现象。

共生菌类与植物和动物的生理关系是互惠互利，但其化学机制尚缺乏研究，因此，共生菌类较难进行人工栽培。对松茸和块菌的人工栽培的研究已有六七十年，但至今仍有很多机理不明，可行的仍是野外的半人工栽培。这种半人工栽培距我们现今的商业化栽培差距还很大。