该项目属于畜牧科学动物遗传育种技术领域。项目开展9年来，利用我国重要的猪遗传资源，采用基因组分析技术，发现了与猪繁殖性能密切相关的新型标记，对2万头以上的种猪进行了基因型检测，并取得了重要的科研成果和较大的经济效益。主要内容及发明点为：以国际上繁殖力最高的我国地方品种二花脸猪和欧洲商业品种猪等为研究素材，利用候选基因策略，在国际上率先发现了猪促卵泡素β亚基(FSHp)基因是影响猪产仔数(包括总产仔数、产活仔数)的主效基因或遗传标记。发现FSHβ基因型的差异主要是FSHp基因在内含子I的809bp和810bp之间的插入片段所造成，该插入片段长度为292bp，是一个具有回纹结构、含31个poly(A)的逆转子结构(Retro―poson)。研究表明，第1胎和经产胎次总产仔数和产活仔数，未携带插入序列的BB基因型明显高于携带该插人序列的AA基因型(P<0.01)，差异均达到2头以上，但对出生重和20日龄体重没有任何影响，表明该基因只对产仔性状有影响。建立了稳定扩增该插入片段的快速高通量的PCR反应条件及基因型判断的方法。同时，还研究发现猪雌激素受体基因(ESR)一个全新的限制性内切酶长度多态性变异，并能响产仔数性状。在确定两个基因的合并基因型对猪产仔数提高效应的基础上，研制了合并基因型DNA折试剂盒。

与国内多家猪育种公司进行了合作，利用FSHβ基因选种以提高种群的产仔数性状，取得了明显的改效果，产仔数提高了0.5～1.5头。与世界上最大的猪育种公司PIC及国内多家公司合作，利用FSHβ因与ESR基因的合并基因型选择方法进行了多个猪品系产仔数性状的选择，取得了很好的改良效果。用该项技术3年来，取得了显著的经济效益和社会效益。