单细胞个体或群体，或为细胞成串排列组成藻丝（细胞列）的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝。具核质，无核膜；色质区主要由类囊体及其有关结构，藻胆体和糖原颗粒等所组成，具叶绿素a、藻胆素、胡萝卜素 、类胡萝卜素等光合色素，但无叶绿体膜，不形成叶绿体；具细胞壁。蓝藻在地球上已存在约30亿年，是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。已知蓝藻约2000种，中国已有记录的约900种。蓝藻有极大的适应性，分布很广。淡水和海水中，潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都有它们的踪迹；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）。在热带、亚热带的中性或微碱性生境中生长旺盛。

形态特征

    植物体为单细胞、群体或丝状体，细胞内原生质体不分化为细胞质和细胞核，而分化成中心质(c 蓝藻门 蓝藻门(2张) entroplasm)和周质(periplasm)两部分。中心质相当于细胞核的位置，无核膜和核仁，但含有染色质，具有核的功能，故称原始核（原核）。蓝藻和细菌细胞构造相同，都没有真核，两者均属原核生物(Prokaryote)。周质位于中央质的四周，蓝藻细胞没有分化出载色体等细胞器。周质中有光合片层，含叶绿素a、藻蓝蛋白（phycocyanin）、藻红蛋白（phycoerythrin）及一些黄色色素，是光合作用的场所。蓝藻细胞壁的主要成分是粘肽（peptidoglycan），在细胞壁的外面有由果胶酸（pectic acid）和粘多糖（mucopolysaccharide）构成的胶质鞘（gelatinous sheath）包围。有的群体为公共的胶质鞘所包被。贮藏物质为蓝藻淀粉（cyanophycean starch）。

结构

     蓝藻细胞壁主要由两层组成，内层为肽聚糖层，外层为脂蛋白层，两层之间为周质空间，含有脂多糖和降解酶，胞壁外往往包有多糖构成的粘质胶鞘或胶被。胞壁内有原生质膜，膜内原生质较稠，可分为两个主要区域，即周围的有光合色素的色质区和中央的无色的中心质区。中心质区有 DNA微丝，但无碱性蛋白（组蛋白）。核糖体在整个细胞中均有分布，但在中央区周围较为密集。原生质中常具有大小不等的强反光颗粒，如多磷酸体，多面体（羧化酶体），蓝藻体（天门冬氨酸和精氨酸聚合体的结晶，又称结构颗粒），多聚糖体（又称蓝藻淀粉或糖原）等。浮游蓝藻往往有伪空胞（又称气泡），为两端呈锥形的具单层蛋白质膜的空管成束排列所组成，有遮强光和漂浮的功能。蓝藻的光合色素是叶绿素a，藻胆素（藻蓝素、别藻蓝素、藻红素和藻红蓝素），及多种类胡萝卜素。它能采收光能，以水作为电子来源进行光合作用，固定CO2，放出氧气。它和其他植物一样，进行自养生活。

生理特征

     藻体是单细胞的或群体，丝状体；不具鞭毛，不产游动细胞一部分丝状种类能伸缩或左右摆动。细胞壁缺乏纤维素，由黏肽（含8种氨基酸和二氨基庚二酸以及氨基葡萄糖等）组成，壁外常形成黏性胶质鞘。无真正的细胞核，核的组成物质染色质集中在细胞中央，无核膜和核仁，细胞内除含叶绿素和类胡萝卜素外，尚含有藻蓝素，部分种类还含有藻红素。色素不包在质体内，而是分散在细胞质的边缘部分。藻体因所含色素的种类和多寡不同而呈现不同的颜色。储藏食物为蓝藻淀粉。繁殖方法主要是分裂生殖，少数为无性生殖，无性生殖包括外孢生殖，内孢生殖，后壁生殖，没有有性生殖。主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生活在湿土、岩石、树干上和海洋中，有的同真菌共生形成地衣，或生活在植物体内形成内生植物。少数种类能生活在85 ℃以上的温泉内或终年积雪的极地。本门的项圈藻属，念珠藻属和筒孢藻属等的若干种有固氮作用，能增强土壤肥力；葛仙米，发菜，海雹菜等可供食用，微胞藻属，项圈藻属等在夏季生长过多时，能降低水中含氧量，或死后分解产生毒质，能使鱼类致病或死亡。