柑桔果实采收后在贮运过程中，可发生20多种病害，其中传染性病害有青霉病、绿霉病、黑腐病、焦腐病、炭疽病等，生理病害有水肿病、褐斑病等。
 1、青、绿霉病 两病的病状基本相同，初期为水渍状淡褐色圆形病斑，病部组织湿润柔软，用手指按压病部果皮易破裂。病部先长出白色菌丝，很快就转变为青色会绿色霉层。以后病部不断扩大，致全果腐烂。两病症状稍有不同。青霉病：蓝色，白色霉层带很窄、腐烂速度较慢，烂果不粘包果纸，有发霉气味。绿霉病：蓝绿色、白色霉层较宽，腐烂速度较快，紧粘包果纸，有芳香气味。
 2、黑腐病 果实多从果蒂开始发病，初时出现水渍状淡褐色病斑，扩大后稍凹陷，黑褐色，病斑边缘不规则。天气潮湿时，病部长出初为白色，后变为墨绿色霉层，腐烂果心也长有墨绿色霉层。有些果实外表不表现症状，而果心和果肉已发生腐烂。腐烂果心也长有墨绿色霉层。
 3、焦腐病 又称黑色蒂腐病。多发生在果实采收后贮藏前。发病初期果蒂周围的果皮出现水渍状淡褐色软腐病斑，后病斑迅速向外扩展，边缘波浪状，病部果皮呈暗紫褐色、极软，果皮易被压破。病部根快从果蒂腐烂至脐部，造成“穿心烂”，病果肉黑色，味苦。
 4、褐色蒂腐病 （该病是由柑桔树脂病菌引起的。）初时在环绕果蒂部出现水渍状、淡褐色病斑，后逐渐变为深褐色，病部逐渐向脐部扩展，边缘呈波纹状，由于病果内部腐烂较快，先是果心腐烂，最后可使全果腐烂，故有“穿心烂”之称。病部果皮较坚韧，有革质柔韧感。
 5、炭疽病 果实受害，多从果蒂或其它部位出现褐色病斑。在比较干燥的条件下，果实上病斑病、健部分边缘明显，呈黄褐色至深褐色，稍凹陷，病部果皮革质，病组织只限于果皮层。在空气湿度较大时，果实上病斑呈深褐色，并逐渐扩大，终至全果腐烂，其内部瓤囊也变褐腐烂。幼果期发病，病果腐烂后，失水干枯变成僵果悬挂在树上。
 6、褐腐病 甜橙果实发生较多，发病初期，果皮上出现淡褐色斑，扩展迅速，几天内可引起全果腐烂。高湿条件下，病部长出稀疏的白色霉层，有一种芳香气味。
 7、水肿病 此病是一种生理性病害，多发生在贮藏期 （Peng）柑，甜橙，及蕉柑等果实上，其特征是整个果皮及果肉组织呈浅褐色水渍状浮肿，后转为深褐色，果肉产生酒精气味，完全失去商品价值。病果不表现软腐症状。
 8、褐斑病 初发病仅在果皮油胞层显出褐色革质病斑，最后达到果肉，使果肉变质发生异味。褐色，在果皮上出现网状、片状、点状等不规则褐斑。该病是甜橙果实在贮藏后期常见的一种生理性病害。