病毒病：辣椒病毒病在全国各地普遍发生，是甜（辣）椒栽培中的重要病害。常见的发病症状有3种类型：

　　花叶型病叶出现明显黄绿相间的花斑、皱缩，或产生褐色坏死斑。

　　叶片畸形或丛簇型开始时植株心叶叶脉退绿，逐渐形成深浅不均的斑驳、叶面皱缩、以后病叶增厚，产生黄绿相间的斑驳或大型黄褐色坏死斑，叶缘向上卷曲。幼叶狭窄、严重时呈线状，后期植株上部节间短缩呈丛簇状。重病果果面有绿色不均的花斑和疣状突起。

　　条斑型叶片主脉呈褐色或黑色坏死，沿叶柄扩展到侧枝和主茎，出现系统坏死条斑，常造成早期的落叶、落花、落果，严重时整株枯死。

　　防治方法：发生初期、可用20%病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5%植病灵乳剂1000倍液喷雾防治，每5-7天防治1次，连续防治3-4次，并注意蚜虫和灰飞虱的防治，以减少病害发生。

　　根腐病：是一种土传病害。发病初期，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复。症状反复数日后，叶片全部萎蔫，但叶片仍呈绿色。病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，极易剥离，露出木质部。辣椒根腐病对湿度很敏感，湿度越大，发病越重。大水漫灌发病重，小水勤浇发病轻。

　　防治方法：①合理轮作，减少土壤中病原菌数量，有条件的最好进行水旱轮作，或者与非茄科蔬菜轮作至少8年以上。②加强栽培管理，采用高垄覆地膜栽培。灌溉时尽量不要大水漫灌，有条件的可进行滴灌，并及时增施磷、钾肥，可以增强抗病力。③药剂防治：定植时用抗枯灵可湿性粉剂600倍液、恶霉灵可湿性粉剂3000倍液浸根10-15分钟，防效较好；定植缓苗后，开始灌第一次药，每7天1次，连灌3次。

　　根结线虫：该病主要危害根部，以侧根和支根最易受害。侧根受害后布满根瘤，近球形瘤状物，地上部表现萎缩或黄化，天气干燥易萎蔫或枯萎。病株生长衰弱、矮小、黄花，状似水分不足引起的，不结实或结实不良。早晚气温较低或浇水充足，暂时萎蔫的植株可恢复正常，随着病情发展，萎蔫不能恢复，直到植株枯死。

　　防治方法：①实行与葱、蒜、生姜、韭菜轮作，深耕土地，选无线虫的土育苗。加强栽培管理，收获后要及时清除病残体，深翻土壤，把表土深翻到20cm土下。 ②.土壤消毒灭虫。每公顷用4.5千克的3％米乐尔颗粒剂，或每公顷用4.5千克的10％力满库或每公顷用7.5千克的50％辛硫磷乳剂，均释释1000倍，整地后，地面喷洒，隔2--3天定植。 ③植株在发病初期，用70％五氯硝基苯可湿性粉剂加50％辛硫磷按1:1:100倍水淋蔸，每棵淋药液0.1千克，7--10天1次，连用2次。