一般认为使用化学消毒剂清塘消毒最方便，但从当前水产病害控制实践来看，彻底消灭致病微生物这条技术措施越来越难办，因碰到的第一个问题是这个措施在杀灭病原的同时也把有益的生物群落消灭了，而现代的养殖工艺很大程度上仍依赖这些天然的生物群落结构，满足养殖对象的生态生理要求。其次是不可能使用消毒剂直接杀灭被感染者体内的病毒，相反使用不当，由于消毒剂对被感染者会产生伤害，破坏了生态结构中的维持正常生态平衡的生物群落。

    因此，采用化学药物消毒时有两个原则：

    1、彻底消灭微生物，然后重新人工建立新的生物群落结构，特别是微生物及单胞藻群落。因为病原感染养殖生物后，是否出现临床症状，取决于病原生物的“种群密度”，因为一种具致病作用的微生物，无论是外源性还是内源性，它在感染过程中的定植、病原种群增长、定位转移等，都有其特定的微生态学规律支配，保持有益微生物的优势，有利于抑制病原生物的数量。

    2、有选择地、谨慎地使用药物，这个原则虽然增加了选药的难度，但符合了用药的一个重要原则，就是专一性，目标越集中越好。