主要有链壶菌病。 
(1)病因 侵袭卵子及幼体的真菌性疾病主要是链壶菌(Lagenidium spp.)。 
(2)症状 幼体被链壶菌侵袭后,从较薄的柔软体节处入侵,向机体内扩展,快速长出菌丝,不断消耗组织内营养,使机体充满菌体,薄弱部分伸出放出管,形成动孢子囊;最终,受侵机体组织耗尽,成为一个空壳而解体。观察幼体时可见到空壳状虾体。常出现在糠虾幼体。日本对虾幼体对该菌不敏感,发病时仍有一定成活率。 
(3)防治 ①用漂白粉0.5-1毫克/升或氟乐灵0.01-0.1毫克/升(水体浓度)全池泼洒。②用亚甲基蓝0.1-0.5毫克/升(水体浓度)全池泼洒。