养殖水体的底质包括与水接触的土壤和淤泥两部分，淤泥是由生物尸体、残剩饵料、粪便、各种有机碎屑以及各种无机盐、泥土沉积物等组成，因此，淤泥中含有大量的有机质、氮、磷、钾、钙等营养物质。

淤泥过多，水中有机质也多，易使水质恶化，酸性增加，导致病菌大量繁殖。淤泥中存在的细菌，在淤泥表层一般是好气性细菌占优势，在淤泥底层由于氧气缺乏，以嫌气性细菌占绝对优势，沉积在底质中的有机物被好气性细菌氧化分解，使底层中本来不多的溶氧消耗殆尽，造成缺氧。

在缺氧状态下，嫌气性细菌对有机物质产生发酵作用，生成较多的还原性中间产物，如氨、硫化氢、甲烷、有机酸等，这些物质大都对鱼类有害，影响鱼类生长，甚至威胁到它们的生命，而且这些物质强烈亲氧，当水中有氧时，它们首先与氧结合，消耗水中的氧气。

淤泥中的营养物质又是病原菌的培养基，病原菌在其中大量繁殖，同时又是寄生虫抗拒不利环境的避难所。大量的淤泥沉积，其有害因素超过有利因素。