从一年的时间来看，不同温度带地区的藻类演替过程是不同的。

在温带地区，存在明显的冬、春、夏、秋四个季节。冬季水温较低且水体的上下混合较容易，浮游植物主要为硅藻占优势。硅藻具有耐低温和比重大的特点，并具有利用细胞壳缝运动的能力。春季水温上升，藻类的生长条件得以改善，表层水温升高，出现了由于水体密度不同引发的水层之间的翻转现象（turn over），由于水体底层和表层水之间的营养盐发生交换，导致早春出现硅藻生物量增加，甚至是硅藻水华。随着水温进一步升高，硅藻在水体中的优势减弱，绿藻密度增加。进入夏季后，水温和光照强度的增加，蓝藻在竞争上获得优势，这时存在发生蓝藻水华的可能性。随着夏季的结束，水温逐渐下降，绿藻成为优势类群，最后又被冬季的硅藻所取代。

因此，在温带地区，由于水温和光强的年分布特点，蓝藻主要发生在夏季（6月下旬到8月上旬），蓝藻水华发生后持续时间大约为2个月。

而在热带地区没有典型的四季变化，常年气温和水温接近，取而代之的是干湿两季。由于水温全年较高，硅藻成为优势种的可能性只能出现在贫营养的流水水体中，而且时间极为短暂。绿藻和蓝藻是热带水体全年的优势类群，藻类竞争也发生在这两个类群之间，特别是富营养化程度比较高的水体。因热带雨季主要集中在5-9月，且降雨量较大，因此降水导致的水文过程成为影响藻类密度的主要因子，蓝藻水华可以发生在整个丰水期。而在亚热带地区，蓝藻水华发生的时间可以在夏季也可以在春秋季，这是由于水体所在的具体纬度和水体理化性质所决定的。

在热带低纬度地区，蓝藻水华发生的水温和光照条件全年具备，营养盐水平、影响营养盐循环和蓝藻种群积累的条件是影响蓝藻水华的主要因素。相对于温带地区，热带和低纬度亚热带地区发生蓝藻水华的概率要远高于其他地区，水力滞留时间较长的水体可全年发生蓝藻水华。另外，在热带低纬度地区，蓝藻水华发生的另一个有利条件是内源性营养盐释放，特别存在水体分层的富营养化水体，下层厌氧导致底泥中的营养释放通常较高。