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肉眼检查是诊断鱼病的主要方法之一，有些鱼病仅通过肉眼就可诊断。由于有些病原体的寄生部位，往往呈现出一定的病理变化，有时症状还很明显，例如，水霉以及一些大型的寄生虫（如蠕虫、甲壳动物、体形较大的原生动物等），用肉眼就可能识别出来。但有些病原体（如细菌、体形较小的寄生虫等），用肉眼是看不到的，必须通过显微或通过特殊的方法培养鉴定后才能确诊。但是一般细菌性鱼病，常常表现出各自不同的症状，如出血、发炎、脓肿、腐烂、蛀鳍等；而寄生虫病，常表现出粘液分泌增多、发白、有点状或块状的胞囊等症状。通过肉眼观察其不同的症状，对于某些鱼病就可作出初步的诊断。所以，肉眼检查法是一种较为方便并能收到较好效果的方法。对患病鱼体进行检查，一般要检查体表、鳃、内脏等三部分，检查顺序和方法如下：

（1）体表检查

将病鱼放在解剖盘内，按顺序从病鱼的头部、嘴、眼睛、鳞片、鳍条等部位逐次仔细观察。在体表的一些大型病原体（水霉、锚头蚤、鱼鲺、钩介幼虫等）很容易看到。但有些肉眼看不见的小型病原体，则需要根据所表现出的症状来判断，如车轮虫、口丝虫、斜管虫、三代虫等，一般会引起鱼体分泌大量粘液，或者头、嘴以及鳍条末端腐烂，但鳍条基部一般无充血现象。如有角膜混浊，有白内障时，很可能是复口吸虫病。草鱼赤皮病，则鳞片脱落，局部出血发红。鲢鱼打印病，在鱼腹部两侧或一侧有圆形红色腐烂斑块，象盖过的印章；如果鱼体发黑，背部肌肉发红，鳍基充血，肛门红肿，剥皮可见肌肉出血，可能是患有病毒性出血病或肠炎病。

（2）鳃部检查

鳃部检查，重点是鳃丝。首先注意鳃盖是否肿胀，鳃盖表皮有没有腐烂或变成透明现象；然后用剪刀将鳃盖除去，检查鳃丝是否正常。如鳃丝腐烂发白带黄色，尖端软骨外露，并沾有污泥和黏液，多为烂鳃病；鳃丝末端挂着似蝇蛆一样的白色小虫，常常是寄生了中华鱼蚤；鳃部分泌大量的黏液，则可能是患有鳃隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、三代虫、指环虫等寄生虫病；鳃片颜色比正常的鱼较白，并略带红色小点，多为鳃霉病。

（3）内脏检查

内脏检查，要检查的内容很多，要做好记录。

将病鱼放在解剖盘内，用剪刀或手术刀将一侧鱼鳞去掉一些，在去鳞处剪开皮肤，剥去一部分皮肤，看皮肤是否变红色；再从肛门处下剪，一路向上剪至体腔背部，再转向前剪，一直剪至鳃盖后缘，另一路沿腹中线向前剪，至鳃盖后下缘，最后将这一侧皮肤整个去除，露出内脏器官。先观察腹内是否有腹水，腹水的颜色如何，有无肉眼可见的寄生虫，如鱼怪、线虫、舌状绦虫、长棘吻虫等。然后仔细地将体内各器官用剪刀分开，分别仔细观察各器官有无患病症状。

肝胰脏：是否肿胀，是否有变色，是否呈花斑状，是否有脓胞；

胆囊：是否肿大，是否颜色变淡，是否胆汁变稀薄；

肾脏：是否肿胀，是否有变色，是否呈花斑状，是否有脓胞；

心脏：是否肿胀，是否有变色，是否呈花斑状，是否有脓胞；

肠道：取出肠道，从前肠至后肠剪开，分成前、中、后三段，放在解剖盘中，轻轻把肠道中的食物和粪便去掉，然后进行观察。如发现肠道全部或部分出血呈紫红色，则可能为肠炎病或出血病；前肠壁增厚，肠内壁有散在的小白点或成片状物，可能是粘孢子虫病或球虫病。在肠内寄生的较大的寄生虫，如吸虫、绦虫、线虫等都容易看到。