棚室蔬菜菌肥施用可稳产并且病害少。在棚室蔬菜生产中，改追施速效化肥为生物菌有机肥料，可增加有机肥施用量，提高室内二氧化碳含量。
　　虽然有机肥料的肥料元素含量较低，但是它所含有的肥料元素是最全面的，而且还含有大量的有机质。增施有机肥料，不但能够满足作物对各种肥料元素的需求，而且可以显著提高土壤的有机质含量。有机质在土壤中经微生物的作用转变成为腐殖质，其含量虽少，但对土壤性状和植物的生长状况影响是多方面的：
　　1.腐殖质能不断地分解释放氮、磷、钾、钙、镁、硫及各种微量元素等，满足作物生长发育对矿质元素的需求。同时腐殖质分解能源源不断地释放二氧化碳，特别是对棚室内因通气较少造成的二氧化碳严重不足，有很大的缓解作用，进而提高棚室的光合生产率。
　　2.腐殖质可以改善土壤的理化性状，促进团粒结构的生成，增加土壤孔隙度，改善通气性，调节水汽比例，促进土壤微生物的活动，并使土性变暖。
　　3.腐殖质在土壤中呈有机胶体状，带有大量的负电荷，能吸附大量的阳离子，提高土壤的保肥能力。
　　4.腐殖质还具有缓冲性，能够调节土壤的酸碱度（PH值）。特别在盐碱性土壤中，增施有机肥料，是改良盐碱地的有效途径之一。
　　有机肥料的来源是多种多样的，人畜禽粪便、农作物秸秆、杂草树叶、沼气液渣、酒糟、醋糟、饼肥等都含有大量的有机质，但它们也含有许多有害物质，会对土壤、作物造成不同程度的污染，因此使用前必须经过发酵沤制，将有害的成分转化成无害化物质。最好的沤制方法是在粪肥中掺加有益的生物菌进行发酵，制成生物菌有机肥料后施用。
　　有机肥经生物菌发酵后，含有大量的有益菌类，它不但能把有机肥中的各种有害物质转化为无害化成分，而且施入土壤中后，能活化土层，改良土壤，增加团粒结构，提高土壤的保肥、蓄水能力；能促进作物根系发达；能抑制并消灭土壤当中的有害菌类，减少病害发生；能释放已经被土壤固定的肥料元素，重新被作物根系吸收利用，提高肥料利用率，减少肥料施用量，并能把速效氮转变成无害的有机氮肥，作物后劲足，生产的产品亦是无公害、绿色、甚至是有机产品。
　　不同的动物粪便，其含有的各种肥料元素量比例不一样，为了给作物提供最适宜的生物菌有机肥料，发酵沤制时应该根据不同粪肥的不同养分含量，适当掺加其他粪肥、化学肥料或作物秸秆进行调配。
　　以鸡粪为例：鲜鸡粪中含有氮1.63%，五氧化二磷1.54%，氧化钾0.85%，是各种动物粪便中含有效养分最多的优质有机肥料。但是其不足之处是含氮、磷量比例较高，含钾量比例不足，而设施栽培的主要蔬菜种类瓜类、茄果类对钾肥的需求量都远远超过对氮的需求量，因此发酵沤制时应适当掺加玉米秸秆和硫酸钾，调整氮、磷、钾比例，使之更趋向合理，更适宜瓜类、茄果类蔬菜的需肥规律。一般每2000千克鸡粪掺混300千克玉米秸秆、30千克硫酸钾，边搅拌边喷洒30-75千克含有500克生物菌、200克红糖的水溶液，最后用塑料薄膜封闭，发酵15-20天即可。
　　施用基肥，每亩棚室可底施生物菌沤制的鸡粪2000千克（猪羊粪3000千克、牛马粪5000千克）左右，以后在结果期间，结合灌溉冲施，在操作行中分次沟施8000千克左右。