繁育无病毒苹果苗木，应由从事该方面的研究工作的单位建立无病毒苹果原种母树保存圃，栽植、保存经检测的确无病毒的自行脱病毒或引进的无病毒苹果品种或砧木。能够在良好的栽培、管理条件下，尽可能多的提供无病毒原种繁殖材料。再由育苗单位建立无病毒苹果繁殖材料采穗圃，专门用原种母树圃提供的无病毒品种或砧木繁殖，提供繁育生产苗接穗材料；由育苗单位建立无病毒苹果苗木繁育圃，集中繁育无病毒苹果生产用苗。目前，应用效果最好的是组织培养繁殖方法。这种繁殖方法有较高的繁殖效率，又能够较好的保持繁殖材料不感染病毒。但这种繁殖需要投入较多的组织培养设备，还要掌握较难的组织培养技术。另一种繁殖方法是采用实生砧木嫁接方法。苹果属植物的种子都是不传播病毒的，故而在苹果的无病毒繁殖中实生砧木也是一种主要的砧木材料。采用实生砧木上嫁接无病毒的矮化砧木，成苗后再接上无病毒的苹果品种繁育中间砧苗；或直接于实生砧上嫁接苹果品种繁育乔化苗。用实生砧嫁接方法育苗，要求条件简单，操作易于掌握，且易成苗，使苗木的成本较低。但这种育苗途径感染病毒的机会较多，须注意避免染病。