1、尽早翻耕：农作物收获后，使用机械将秸秆粉碎并均匀撒在田地之中，之后要尽快进行秋翻将秸秆翻耕入土，最好是边收边耕埋。这样一方面可以让秸秆尽快翻入土壤，加快秸秆分解的速度，另一方面尽早翻耕还可以避免秸秆损失，粉碎后的秸秆未能及时翻入土壤，干燥后容易被风吹跑，秸秆扎堆还影响耕地，造成下茬作物出苗困难。
2、要注意秸秆翻压深度。秋翻深度应在25厘米以上，将秸秆全部覆盖严实。坚决不能使撒在地面上的秸秆长时间裸露地面，经风吹日晒，失水过多，降低还田效果。
3、注意粉细，秸秆还田在粉碎秸秆时要用大型秸秆粉碎机，使秸秆粉碎的长度在5厘米左右，以免秸秆过长土压不实，影响作物的出苗与生长
4、足墒还田：秸秆分解依靠的是土壤中的微生物，而微生物生存繁殖要有合适的土壤墒情。若土壤过干，会严重影响土壤微生物的繁殖，减缓秸秆分解的速度。　如果土壤墒情较差，应及时灌水。　　 　
5、补充氮肥：秸秆还田后，土壤微生物在分解作物秸秆时，需要从土壤中吸收大量的氮，才能完成腐化分解过程。如不增施化学氮肥，微生物必然会出现与下茬作物幼苗争夺土壤中氮素的现象，从而影响幼苗正常生长。所以，秸秆还田的地块，进行秋翻时一定要施入一定量的氮肥。 　　
6、防病虫害传播：秸秆还田时要选用生长良好的秸秆，不要把有病虫害的秸秆还田，如玉米黑穗病、棉花枯黄萎病等，不能直接用来翻埋还田，最好将带病菌秸秆运出处理，彻底切断污染源以免病虫害蔓延和传播。