在杂粮中，玉米种子是最难保管的。这是由于玉米种胚较大，组织疏松，蛋白质和可溶性糖分含量高，并集中了占玉米籽粒80％的脂肪。所以，保管不善，容易吸收潮湿、感染、霉菌，发生霉变和酸败现象，缩短寿命或丧失种用价值。
    我国地域辽阔，南北气候迥异，玉米栽培面积和总产量均次于稻麦而位居第三。玉米种粒的贮藏寿命与其自身含水量和气象条件有密切关系。从温湿度条件来看，全国年平均气温，东北和内蒙古地区在10℃以下，黄河流域在10―14℃，长江流域及其以南地区在15℃以上;年平均空气相对湿度，黄河流域及其以北地区均在70％以下，内蒙呼和浩特只有55％，长江流域及其以南地区多在80％以上。气温和空气相对湿度，从北往南均呈依次递增趋势。就玉米自身含水量而言，据试验，在空气相对湿度低于75％的条件下，穗轴含水量往往低于籽粒含水量，籽粒中的水分便不断地被穗轴吸收，使其含水量下降，种子处在干燥状态，有利于安全贮藏;反之，当空气相对湿度高于75％时，穗轴含水量则高于籽粒含水量，并不断地吸收空气中的水分输送到籽粒中去，种子含水量增高，影响安全贮藏。
    由此看来，在我国黄河流域以北的广大地区，具有玉米留种不脱粒贮藏得天独厚的自然条件，在淮北地区农家也有带穗贮藏的习惯。农民把玉米收获后，剥开包叶，捆扎成束，晾晒干燥以后，成串成串地吊置在室内通风透光处越冬。贮藏过程中，籽粒含水量维持安全水分以下，尽管严冬低温，种子仍安然无恙。但在长江以南的大部分地区，空气相对湿度在80％以上时间较长，故要将果穗晾晒充分干燥后脱粒贮藏。由于化肥、农药具有一定腐蚀性和挥发性，不能与种子同放一室，以免腐蚀种子细胞和种胚，降低种子质量。
    粒藏的玉米种子在其含水量降至14％以下后，即可装包堆垛于室内，将装满种子的包堆成两列或四列，包间不留空隙，但要与墙壁留出50厘米的距离，每垛之间要留出60厘米距离，以利种子通风和随时检查管理，垛底用木板、席片铺垫防潮，但不能用塑料袋装种子，以免影响呼吸、降低发芽率或引起霉变。