再生稻主要的病虫害有二化螟、稻飞虱、稻瘟病、纹枯病，可直接影响成穗率，活桩率和活芽率，对再生季产量的影响超过了头季稻。因此，应比非再生栽培降低病虫害防治指标。叶瘟为初发期，穗瘟为破口期，稻飞虱为每丛8-10只，二化螟为丛发生率3%以内，纹枯病为丛发病率8%以内。