甲鱼经过8～10个月的温室养殖，室内鳖池已富集了各种致病及残饵、粪便等有机残物，因此清理消毒鳖池极为重要。池中的沙最好换掉，不能换的或无沙池也应反复冲洗和消毒。使用前10天放水10cm左右，用生石灰、强氯精或二氧化氯等全池泼洒，以杀灭病菌。多年养殖的老温室最好再进行空间消毒，以防病原在空间传播。具体可用固体甲醛（4～5克/立方米），将其放在铁桶内安置煤球炉上缓慢加热，使受热后产生的甲醛气体弥漫整个温室空间，起到杀菌消毒的作用。