EM渗入水体后，其群体作用能杀死或抑制病原微生物和有害物质，调整养殖环境，增加水中溶氧量，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类的活化生长，保证养殖水体的生态平衡；拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力；促进健壮生长。EM中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有的反硝化作用去消除水中的亚硝酸铵，因而能使养殖池中的排泄物和残饵污染得到净化；改善水质，减少鱼病。