因为鸡粪含有较多的氨，不但很臭，而且对家畜的胃肠道有较大刺激；鸡粪还常含有对家畜有害的寄生虫卵和致病菌，所以鸡粪在喂养家畜前必须进行消毒除臭。方法有四个：将新鲜鸡粪平铺在阳光下曝晒，使臭气挥发，并用紫外线杀死寄生虫卵和病菌；另一方法是将新鲜鸡粪放在大铁锅中翻炒，去臭，并高温消毒。晒(炒)后的干鸡粪拌入粮食饲料投喂；第三方法是将新鲜鸡粪晒成半干后拌入粮食饲料 (也可直接拌入)，再加入饲料酵母，放入池、窖、缸内或大尼龙袋中密封发酵，做成发酵饲料后投喂。第四，对大量鸡粪采用机械设备烘烤，以及鸡粪发酵机发酵、加工。