芹菜常见的病害有：猝倒病、立枯病、软腐病、叶斑病、炭疽病等。
常见虫害有：蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等。
防治措施：苗期猝倒病、立枯病可采用苗床土消毒防治，也可在苗期浇根，用75％百菌清800倍液、70％多菌灵800倍液；炭疽病防治可用70％多菌灵600倍液、80％炭疽福美粉剂800倍液等；生长期叶斑病、真菌性病害可用78％百菌清700倍液、50％多霉灵粉剂1000---1500倍液，细菌性病害可用72％农用链霉素4000倍液、可杀得1000倍液等；软腐病可用70％甲基硫菌灵可湿性粉剂700倍液、50％扑海因粉剂100---150倍液；蚜虫、蓟马、螨类可用10％吡虫啉2000倍液、65％蚜螨虫威600---700倍液；斑潜蝇的防治，在幼虫2龄前，用20％斑潜净1000----2000倍液，48％牙期本乳油800至1000倍液杀死幼虫，在成虫羽化期用5％抑太保2000倍液抑制成虫繁殖。