运载种猪前应使用高效消毒剂对车辆和用具进行二次以上的严格消毒，最好能空置一天后装猪，在装猪前再用刺激性较小的消毒剂彻底消毒一次，并开具消毒证。

在运输过程中应设法减少种猪应激和损伤肢蹄，避免在运输途中死亡和感染疫病。要求供种场提前2～3小时对准备运输的种猪停止投饲料。赶猪上车时不能赶得太急，注意保护种猪的肢蹄，装猪结束时应固定好车门。长途运输的车辆，车厢最好能铺上垫料，冬天可铺上稻草、麦麸，夏天铺上细沙。

为降低种猪肢蹄损伤的可能性，所装载猪只数量不要过多，装得太密会引起挤压而导致种猪死亡，运载种猪的车厢面积应为猪只纵向表面积的1.5倍，最好能将车厢隔成若干个隔栏，安排4～6头猪为一个隔栏，隔栏最好用光滑的水管制成，避免刮伤种猪。达到性成熟的公猪应单独隔开，并喷洒带有较浓气味的消毒药（如复合酚），以免公猪间相互打架。长途运输的种猪，应对每头种猪注射一针长效抗生素（如“得米先”或“爱畜达”），以防止猪群途中感染细菌性疾病。对临床表现特别兴奋的种猪，可注射适量镇静针剂。运输车在行驶过程中尽量避免急刹车，应注意选择没有停放其他运载动物车辆的地点就餐，绝不能与其他装运猪只的车辆一起停放。随车应准备一些必要的工具和药品，如绳子、铁丝、钳子、抗生素、镇痛退热药以及镇静剂等。冬季应注意保暖，夏季要重视防暑，夏天特别不能在炎热的中午装猪，可在早晨和傍晚装运。途中应注意经常供给饮水，有条件时可准备西瓜供种猪采食，防止种猪中暑，并定时寻找可靠水源为种猪淋水降温，一般日淋水3～6次。运输车辆应备有汽车帆布”若遇到烈日或暴雨时，应将帆布遮于车顶上面，防止烈日直射和暴风雨袭击种猪，车辆两边的篷布应挂起，以便通风散热。冬季帆布应挂在车厢前上方以便挡风保暖。长途运输可先配制一些电解质溶液，用时加上奶粉，在路上供种猪饮用。运输途中应适时停歇，检查有无伤病猪只。应经常注意观察猪群，如出现呼吸急促、体温升高等异常情况，应及时采取有效措施，可注射抗生素和镇痛退热针剂，并用温度较低的清水冲洗猪身降温，必要时可采用耳尖放血疗法。