肠呼吸是泥鳅特有的生理现象。泥鳅的肠壁薄而血管丰富，具有辅助呼吸进行气体交换的功能，当水温上升或水中缺氧时，泥鳅垂直游窜到水面吞吸空气，下沉时会发出身体拍击水面的响声。吞吸的空气在肠管中进行气体交换，吸收氧气，多余的废气及肠中所产生的二氧化碳则由肛门排出体外。有试验证明：在水温 24 . 5 ℃ 时，泥鳅幼鱼的窒息点为 0 . 48 毫克／升，成鱼的窒息点为 0 .24 毫克/升。比青鱼、草鱼、鲢、鲫等 ( 0 . 58 一 0 . 99 毫克/升)要低，仅比鳙（ 0 . 23 毫克/升）高。因此，泥鳅耐低氧能力远胜于其他养殖鱼类，既适合于高密度养殖，有很大增产潜力，又可在运输时不易因缺氧而死亡。由于皮肤和肠都能进行呼吸，所以，泥鳅的呼吸没有比较稳定的频率，鳃盖的启闭，快时难以数清其活动次数，慢时每分钟只有数次，甚至可以停止 1 一 2 分钟。曾有试验：在干燥的玻璃缸中，放全长 4 一 5 厘米的泥鳅（当年幼鱼）存活 1 小时，放全长 12 厘米的成鳅存活 6 小时，将它们再放回水中时仍能活动正常。