针对性微生态制剂根据用途可分为养殖环境调节剂、控制病原的微生态控制剂以及提高动物抵抗力增进健康的饲料添加剂等三类。因此，实际生产中应根据不同的需要选择合适的制剂，预防动物常见疾病主要选用乳酸菌、片球菌、双歧杆菌等产乳酸类的细菌效果会更好；促进动物快速生长、提高饲料效率则可选用以芽胞杆菌、乳酸杆菌、酵母菌和霉菌等制成的微生态制剂；如果以改善养殖环境为主要目的，应从以光合细菌、硝化细菌以及芽胞杆菌为主的微生态制剂中去选择。总之，在动物微生态理论指导下有针对性地使用，才能以最经济的代价达到理想效果。

    使用剂量微生态制剂的益生作用是通过有益微生物在动物体内一系列生理活动来实现的，其最终效果同施加的益生菌的数量密切相关，数量不够，在体内不能形成菌群优势，难以起到益生作用。根据试验，如果一种细菌在盲肠内容物的浓度低于107个／克，该菌产生的酶及代谢产物不足以影响宿主；数量过多，超出占据肠内附着点和形成优势菌群所需的菌量，非但功效不会增加，反而造成不必要的浪费。微生态制剂用于特定养殖动物所需的菌群数量尚无统一的规定，德国学者认为，仔猪饲料中加入微生态制剂其含菌量应达到（0.2～0.5）×107个／克饲料，育肥猪饲料中加入每克含106个芽胞杆菌，粪中大肠杆菌减少35％，每天0.5克～0.6克方可起到治疗效果，而乳酸杆菌因制剂不同而有差异，其数量不少于107个／克，每日施加0．1克～3克，一般添加量为0.02％～0.2％。

    使用时间微生态制剂在动物的整个生长过程都可以使用，但不同的生长时期其作用效果不尽相同。一般在动物幼体，此时体内微生态平衡尚未完全建立，抵抗疾病的能力较弱，此时引入益生菌，可较快地进入体内，占据附着点，效果最佳。另外在断奶、运输、饲料转变、天气突变和饲养环境恶劣等应激条件下，动物体内微生态平衡遭到破坏，使用微生态制剂对形成优势种群极为有利，因此，把握益生菌的应用时机，尽早并长期饲喂，使其益生作用得到充分体现。

    与抗生素合用抗生素由于其杀菌效果、重复性等方面的独特优势，多少年来一直被作为养殖动物防病治病的主要手段，在防治常见疾病、促进动物健康成长等方面发挥着重要作用。考虑到微生态制剂在治疗突发性疾病方面的缺陷，在动物发病期，可先选用针对性较强的抗生素杀灭或抑制致病微生物的繁殖，控制疾病的蔓延。但抗生素在杀灭致病菌的同时，动物体内的正常菌群也遭到破坏，此时应及时引入微生态制剂，通过其独特的益生作用，使紊乱的肠道菌群平衡得到恢复，此所谓微生态制剂与抗生素的协同作用。