粮食上有大量的微生物，无菌粮食在自然界中几乎是不存在的。从一定意义上来说，我们在贮粮的同时，也贮藏了微生物。贮粮上的微生物可分两大类群，一类是粮食在田间生长时感染的微生物，称田间微生物，主要是一些细菌和田间真菌，真菌主要包括酵母菌和各种霉菌，另一类是随着粮食贮藏期的延长、粮情的稳定而出现的微生物，称之为贮藏微生物，主要是一些贮藏真菌，包括各种青霉和各种曲霉。 稻谷和大米在贮藏期的真菌以黄曲霉最为常见，还有灰绿曲霉、白曲霉、构巢曲霉和青霉。贮藏真菌是引起稻谷在贮藏期发热、霉变的主要因素。小麦和面粉，在面粉中以细菌最多，其次是霉菌和酵母菌，面粉中某些细菌与食品的败坏有关，有些细菌与人的健康有关系。小麦通过制粉过程带菌量一般都要减少，而且精粉比统粉带菌量要少。玉米和高粱则随着贮藏期的延长，贮藏真菌迅速增加，玉米比高粱贮藏真菌增加的更快，尤其是混入碎玉米粒的霉菌增长最快。新收获的高水分玉米，一般附生细菌和镰刀菌占优势，青霉也很多，高水分玉米晒于过夏，一般只剩下曲霉和青霉花生主要是曲霉和青霉。霉菌主要在外壳上，花生仁最易感染黄曲霉、黑曲霉、灰绿曲霉和青霉。

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