大多数植物都可用来作沼气池的原料，但并非所有植物都可以入池。如，核桃叶、银杏叶、猫儿眼、黄花篙、臭椿叶、泡桐叶、水杉、梧桐叶、苦楝叶、断肠草、辣蓼子、烟梗等植物要严禁入池，因为它们中含有抑制或杀死甲烷菌的成分。同样，沼气池内更不能用农药、柴油。否则，会造成池内长期不产气。

另外，豆饼、花生饼、棉子饼等在空气不足的条件下会产生磷化氢，这是一种有毒的气体，不仅对甲烷细菌不利，而且人、畜接触后容易发生中毒，故此类麸饼也严禁入池