用于生物有机肥生产的菌种必须具备对固体有机物发酵的能力，并能通过发酵使有机废弃物腐熟、除臭和干燥。有机物料腐熟剂中的菌种主要有：丝状真菌、酵母菌、放线菌和细菌四大类。丝状真菌能分泌多种代谢产物，对含有纤维素的物料具有一定的分解作用。酵母菌分解营养物质，促进物质转化。放线菌能分泌有机酸、生理活性物质和抗菌素，抑制病原菌的发生蔓延，还能参与土壤中氮磷等化合物的转化，对作物具有促生、抗病和肥效作用。细菌以芽孢杆菌为主，具有固氮、解磷、解钾作用，能转化环境中的营养物质为作物所用。