微生物肥料是指含有活性微生物的特定制品，将它用到农业生产中，能够获得特定的肥料供应。它和微肥有本质的区别，微生物肥料是活的生命，而微肥是矿质元素。

　　微生物肥料可以概括为以下三大类：一类是通过微生物的生命活动，增加作物营养元素的供应量，改善作物的营养状况。微生物肥料在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病、乃至治虫的作用，代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌等。另一类是微生物的代谢物质，如氨基酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的产品，达到刺激作物生长和抗御病虫的作用。再一类是借助微生物腐解有机质的功能，加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。这一类多加入等量的化学肥料，以保证作物对营养的需求，市场上叫多元有机肥。

　　微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施，但以拌种最为简便经济、有效。