1.使用硅酸盐细菌、磷细菌、根际固氮菌、根瘤菌等生物肥时，使用方法不当，效果差。2.要想提高生物肥料的使用效果，必须注意以下6点：一是了解生物肥料的生产日期、使用量、用法等有关资料，在有效期期内施用。贮存时要避光、通风、干燥。二是要了解微生物的作用，适用作物用及施用技术，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品种又有不同的根瘤菌肥。三是提倡“早、近、匀”的施用技术，即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；施入地点离作物根系要“近”；种子与苗肥要拌“匀”。四是提倡与有机肥混施，可以提高施用效果。五是避免阳光长时间直射，施后及时覆土。六是不宜与化肥、杀菌剂农药混用，以免影响肥效。