小麦秆锈病菌夏孢子不耐寒冷，在北部麦区不能安全越冬。秆锈病菌的越冬区域比较小，主要在福建、广东等东南沿海地区和云南南部地区。这些地区冬季最冷月份月均温可达l0℃左右，小麦可持续生长，秆锈菌可不断侵染危害，不存在休止越冬的问题。而且小麦播期从9月到12月，收获期从1月到4月，为秆锈菌越冬提供了寄主条件。此外，山东半岛和江苏徐淮地区，虽然秋苗发病普遍，但受害叶片大多不能存活到翌年返青后。因此，病菌越冬率极低，仅可为当地局部麦田提供少量菌源，对全国范围内秆锈病的流行影响很小。

　　春、夏季，越冬区的菌源自南向北、向西逐步传播，经由长江流域、华北平原到东北、西北及内蒙古等地的春麦区，造成全国大范围的春、夏季流行。由于大多数地区都没有或极少有本地菌源。因此，春、夏季的病害流行几乎全部是由南方早发地区的外来菌源所引起，所以一旦发病便是大面积普发，没有发病中心。

　　秆锈病菌主要在西北、西南等高寒地区的晚熟春小麦和自生麦苗上越夏，也可在部分平原麦区如山东胶东、江苏淮北等地冬小麦自生麦苗上越夏。至于越夏菌源如何于秋季到达越冬基地，以及病菌是否还可在其他地区越冬等问题，尚待研究。