随着毒死蜱合成路线的简化，生产工艺优化，技术进步，成本降低，原药合成企业现在存在的主要问题是环保问题。
　　
　　1.中间体氯化物（0,0－2乙基硫代磷酰氯）生产过程中产生的大量废渣难以处理。该废渣以无机硫为主，约占85％，还有其他副产的有机硫化物约占15％，气味重。废渣处理和利用的主要途径有以下三个方面：(1)加工成含硫的悬浮剂，部分企业采用，但市场容量不大。（2）加工成颗粒剂，用于地下害虫的防治。该法被广泛应用。（3）回收精制成单质硫，循环使用，但因工业化处理费用高，很少有企业采用。随着硫磺回收技术的进步，成本降低，该方案是最环保、最科学的解决办法。
　　
　　2.毒死蜱合成工艺中水相一步合成法因成本低、收率高，近年来被大多数企业接受。但该工艺技术产生大量废水，处理难度大，环境污染重。废水的加工处理及循环利用，是毒死蜱原药生产企业的最大障碍。