目前的抗虫棉仅仅是在遗传育种中植入了抵抗棉铃虫的基因，因此此类抗虫棉只对棉铃虫有一定的抵抗作用，对其他的害虫（棉蚜、棉红蜘蛛、棉盲蝽蟓等）并不起作用，对于棉铃虫，也仅仅是对1、2代的低龄幼虫抵抗能力较好，对3、4代的高龄棉铃虫则大打折扣，因此2000年河北、湖北、湖南等部分种植抗虫棉的地区棉铃虫大发生，给棉花生产带来了巨大的损失。所以抗虫棉的害虫防治仍要使用化学农药。
　　硫丹是目前国内公认的防治棉花棉铃虫的最佳药剂，具有胃毒和触杀作用，不仅对棉铃虫高效、持效期长，且对益虫和天敌无副作用，在杀死害虫的同时对天敌并无伤害，是可在环境中完全分解的广谱有机氯类杀虫剂。是实施高效广谱、无公害、无残留绿色产品的首选药剂，也是治理抗性害虫棉铃虫等的良好药剂。
　　防治棉花棉铃虫，亩用35%硫丹乳油120-180ml，兑水40-50kg均匀喷雾。可兼治棉蚜、棉蓟马及棉红蜘蛛等害虫。