水产动物生活在水环境中，水环境的变化对其影响很大。同样，水环境的不同也会对药物作用产生很大的影响。这些因素包括以下几方面：
　　
　　使用酸性或碱性药物时，应特别注意水环境的酸碱度。如在使用漂白粉消毒时，应避免在碱性的环境中使用，因其有效成分次氯酸及其离子在碱性水中比在中性或酸性水中的灭活力降低了许多倍。
　　
　　2. 温度：
　　
　　一般说来，药效与温度成正比例。例如，漂白粉的氯化、氧化作用随着温度的升高而加强，药力也随之增大。同时，温度升高也会使某些药物的毒性增加。如硫酸铜对于一种冷水性鱼类——虹鳟的幼鱼，在水温2℃时，其半致死浓度Lc50为0.5mg／L，水温上升至6℃时，半致死浓度Lc50为0.3mg／L，其毒性提高了近1倍。
　　
　　3. 溶解氧：
　　
　　溶解氧浓度过低会影响药物的疗效，有时还会产生毒性作用。例如，硫酸铜的毒性作用主要是破坏鳃的呼吸机能，在缺氧的条件下，其毒性更大。
　　
　　4. 盐度：
　　
　　通过实验表明，喹诺酮类、四环素类、氯霉素类以及磺胺类等均不同程度地受海水或半咸水影响，其中环丙沙星的抑菌作用受海水的影响最为显着；对嗜水气单胞菌和河弧菌的最低抑菌浓度（MIC）分别升高了8倍和4倍。
　　
　　5. 有机物：
　　
　　许多药物的抗菌作用因有机物的存在而大大减低。有机物能和许多消毒剂结合，使它不能和细菌发生作用；有机物被覆盖于病原体表面，使药物不能接触病原体而无效：近年来，荷兰、美国等一些学者发现，水中次氯酸和次氯酸根离子易与植物残屑的分解物（如腐殖酸、色氨酸等）作用产生三卤甲烷（TCM）及卤代有机物（TCO）等致癌物。为此，许多国家对含氯消毒剂的技术已做改革，如开始使用臭氧和紫外线等无氯消毒。
　　
　　6. 病原体：
　　
　　病原体的类别、化学成分、生长时期、特殊构造和病原体的数目等因素都对药物的作用有影响。因而，用药前需对病原体了解透彻，真正做到对症下药，才能取得好的效果。
　　
　　7. 硬度
　　
　　水的硬度往往也会影响有些药物的毒性和疗效，如硫酸铜在硬水中会与碳酸盐作用，从而降低药效。因此，硫酸铜在软水中比硬水中具有更大的毒性和药效。
　　
　　8. 其他：
　　
　　光照、金属离子、悬浮物、氨等因素也会影响药物的作用。