1．地热大棚一般用塑料薄膜覆盖，大棚内的水气比较大，从而影响了阳光的照射，大棚内池水的浮游植物本来就比较少，再加上光合作用的降低，此外大棚的自身特点也影响了和外界的空气流通，也进一步影响了水中溶解氧的含量。由于南美白对虾常期处于缺氧状态下，鳃丝经常水肿，从而影响其正常的生长。再加上池底的残饵、粪便腐败变质，会产生大量有害物质，二者结合容易造成南美白对虾大量死亡。
　　
　　2.大棚内池水白净能力不强，由于地热大棚内的水是由深层地下水和高盐度的海水调配，藻类品种比较单一，生态环境较差。再加之大量消毒剂的使用，以及养殖密度过大，从而产生大量的残饵、粪便，这就使本来脆弱的微生态环境更加恶化，从而造成大量的对虾死亡。