菠菜易发生霜霉病和炭疽病。春、秋较多。防治方法,除注意合理密植、实行轮作、及时排水之外,在发病初期,应喷施40%乙磷铝可湿性粉剂200-300倍液,25%甲霜灵800-1000倍液防治,7-10天喷1次,连喷2-3次为宜。对炭疽病可喷65%代森锌可湿性粉剂500倍液,50%多菌灵800倍液,75%百菌清600倍液防治。
菠菜还易受潜叶蝇的为害。除了施充分腐熟的有机肥外,还应防止将虫源带入菠菜田。防治时,应掌握成虫产卵盛期及卵孵化始期,消灭幼虫于潜入叶肉之前。宜采用2.5%溴氰菊酯乳油或20%氰戊菊酯乳油3000倍液防治。