莲藕的病害主要有腐败病，系土壤中的镰刀菌引起，严重时叶片枯死。可采用轮作防止传染，发初期喷0.4%波尔多液有较好防治效果。

虫害有蚜虫、斜纹夜蛾，可用40%氧化乐果1500倍液。或杀虫灵500倍液，或90%敌百虫1000倍液防治。地下害虫有水蛆，幼虫吸食泥中茎节和根的液汁，防治方法是发生地在种藕前亩施100公斤石灰，或结合追肥撒生石灰15公斤。