花椰菜苗期发生的主要病害有黑腐病、霜霉病等。防治常采取温汤浸种后拌药的方法处理种子，即将种子放入50℃温水中浸泡10分钟，捞出后用种子重量0.4％的50％福美双或75％百菌清拌种。苗期霜霉病发生严重的田块，可用58％甲霜灵•代森锰锌600倍液喷雾防治。