一、赤鳍病
本病对泥鳅的危害很大，发病率较高，其病原体是液化产气单孢菌。池水恶化、蓄养不当以及捕捞和运输中色体受伤均易导致本病的发生。患病泥鳅的鱼鳍或体表部分表皮剥落，呈灰白色，肛门部位充血，继而在这些部位出现血斑，并逐渐变为深红色，肠管糜烂，进而并发水霉病。
尽量避免鱼体受伤;苗种放养前先用孔雀石绿溶液消毒，以预防本病的发生。若已发病，可用3%食盐水或百万分之一的孔雀石绿溶液浸洗治疗。
二、水霉病
水霉病又名肤霉病，其病原体是肤霉菌。本病易发生于水温较低时，尤其在冬季。在孵化过程中，鱼卵易患此病。其症状为体表有白色绒毛状的水霉丛生。受精卵感染此病后，可用百万分之一的孔雀石绿溶液浸洗30分钟。将患病的泥鳅浸入二十五万分之一的孔雀石绿溶液中10~20分钟，或用3%的食盐水浸洗5~10分钟。
三、腐鳍病
本病主要由一种杆菌引起。其症状为患病泥鳅背鳍附近的肌肉腐烂，严重的鳍条脱落，肌肉外露，鱼体两侧浮肿，发病部位肌肉发炎，并有红斑。
对患病泥鳅可用每毫升含10~15微克的抗生素溶液浸洗治疗。
四、白鳍病
本病是泥鳅病中最常见的一种。其主要是由于捕捉后长时间流水蓄养所致。患病泥鳅体表和鳍呈灰白色，同时体表出现红色环纹。
放养后发现泥鳅患此病，可用百万分之三的孔雀石绿溶液喷洒于池中，以防治和治疗。
五、寄生虫病
泥鳅苗种培育阶段常发生三代虫、车轮虫、舌杯虫寄生而导致死亡。患寄生虫病的泥鳅体表粘液增多，食欲减退，离群独游，漂浮水面。
发现有三代虫寄生的，可用0.5毫克/升晶体敌百虫溶于水中进行全池泼洒;发现有车轮虫、舌杯虫寄生的，可用0.7毫克/升硫酸铜溶液进行全池泼洒以治疗。