南京农业大学羊业科学研究所成立于2009年，挂靠在动物科技学院和校级重点学科——动物遗传育种与繁殖学科点（博士点）。主要开展羊的育种、繁殖、营养及高效养殖等研究推广工作。2010年，主持的《动物繁殖学》获江苏省和国家级精品课程。2011年，批量获得了转基因克隆山羊；同年，与海门市政府联合组建了“南京农业大学海门山羊研发中心”， 2000多平方米的实验大楼已在海门金盛羊业有限公司落成，全面提升了中心的研发能力。
　　目前，研究所实验室总面积约200m2，此外在江苏海门和山东曹县建有分支实验室及直属试验羊场，在省内建有10多个合作基地。中心拥有NIKON显微操作系统（2套）、荧光显微镜（2台）、PCR仪（3台）、CO2培养箱（5台）、低温高速离心机（2台）、PMM压电式显微操作系统、EPPENDORF微量注射仪、Millipore 超纯水系统等设备，固定资产约400万元。
　　先后承担国家自然科学基金、科技部支撑计划、转基因生物新品种培育重大专项与重点项目、863计划、星火计划、国家肉羊产业体系、江苏省农业高技术等各类项目或任务40多项，其中“十一五”期间科研经费累计1000余万元。取得了十多项成果和奖励，发表了140多篇论文，主编、参编专著、教材20余部，制定省级地方标准2项，培养硕、博士42人，在读硕、博士31人（含留学生）。
　　本研究所现有教授1名，讲师2名，助教1名，外聘兼职导师2名。中心主任、研究所所长王锋教授被聘为国家现代肉羊产业技术体系岗位科学家