食用菌生长发育所需要的环境条件，也同样适合多种病虫害的发生和生长繁殖，如果不重视生态环境的控制，在前期不采取必要的预防措施，杂菌和各种虫害便会大量发生；加上食用菌本身的特点，又不便于随时使用化学药剂防治，因此在栽培中，遵循"以农业防治为主，合理配以生物物理方法，以化学防治为补救措施"的综合防治方法，可以充分发挥各种防治方法的优势互补，对各种食用菌的优质高产，将具有非常重要的意义。
　　农业防治措施
    1、选用优质抗病品种
　　⑴到正规厂家购买信誉度高、品牌正的菌种。
　　⑵母种传代不要过3代，栽培种由原种转接而来，不要由栽培种再次转接作栽培种。
　　⑶优质菌种的感官特征应是：菌丝健壮不老化、纯净无污染。
　　⑷一定要选用适合当时当地的温和型品种。
    2、合理轮作
　　⑴不同品种之间轮作：食用菌栽培实践证明，在同一菇棚内连续栽培同一菇类，极易引发杂菌污染，且一次比一次严重。不同菇类，或同一菇类的不同品种之间，能产生具有相互颉颃作用的代谢产物，对病虫害及杂菌有一定的抑制和杀灭作用。据此合理轮作，起到较好的预防效果。
　　⑵提倡大田内与其他作物轮作：有些菇类如平菇、鸡腿菇，大田种植，不需熏蒸消毒，只需取表土下30厘米的土刨细，拌入石灰粉即可。每2-3年轮作一次，既可肥田，又能消灭病虫害，一举多得。
　　⑶更换新棚：有条件的菇农，可以每年更换新棚，防杂效果会更好。
    3、远离传染源，搞好环境卫生
　　菇房选址应远离仓库、厕所、畜舍，切断病虫感染的途径；菇房、用具、床架要定期消毒；栽培前和栽培后对各种操作工具及栽培场地进行消毒；需要覆土的菇类如蘑菇、鸡腿菇等，覆土进棚前要经曝晒或用甲醛熏蒸消毒（进棚前一定将气味散净，以免对菌丝造成药害）。
    4、培养料要发酵，配方要合理
　　栽培食用菌的物料北方一般以棉籽壳、玉米芯、麦秸牛粪作为主料。各种物料最好采用发酵料，利用堆肥发酵高温杀死病菌虫卵，按照要求堆建、翻堆，使发酵温度上升到75℃以上，最好采用后发酵方法，以有效消灭堆肥内病菌虫卵。各种物料混和要均匀一致，含水量适中（60-65%）。要选用新鲜、无霉变的培养料，并严格按配方要求配制。
    5、管理措施得当，合理调节温、湿、气三者之间的关系
　　温度、湿度、氧气是影响各种食用菌质量优劣、产量高低的重要环境因子，三者要统筹兼顾。出菇期间，在合适的温度下，如鸡腿菇16-24℃、双孢菇14-16℃子实体数量最多，产量最高；物料含水量以60-70%为宜，空气相对湿度在菌丝生长期间控制在75-80%左右，子实体阶段在85-90%，低于60%菌盖易反卷，高于95%以上易引发病害。食用菌全都属于好氧性微生物，整个发育期间均需要新鲜空气，特别是子实体形成期间要勤通风换气。通风不良、过于潮湿、温度过高的菇房，容易滋生杂菌害虫。
    一旦发现病虫为害，应立即处理。将所有的病菇、杂菌、害虫等污染物排除掉，进行深埋或销毁，病区用药剂防治，并注意通风。
　　物理防治方法
    1、设置屏障
　　将病虫源拒之棚外，菇棚的门窗要安装防护网，防空洞、地下室进门处留一段黑暗区，以防飞虫乘隙而入，将病虫带入菇棚内。
    2、人工诱杀
　　⑴灯光诱杀：许多食用菌害虫有较强的趋光性，可用黑光灯或节能灯诱杀，具体方法是在灯下放一装有0.1%敌敌畏的水盆，害虫落入盆中即被杀死；也可在强光处挂粘虫板，板上涂40%聚丙烯粘胶，有效期可达2个月。
　　⑵毒饵诱杀：用菜籽饼（也可用棉饼、豆饼替代）诱杀，主要诱杀螨虫，方法是在菌床上铺若干纱布，纱布上铺一层炒熟的菜籽饼粉，螨类闻到香味后便会聚集于纱布上取食，此时将纱布连同螨虫一起放入沸水中浸烫。
　　生物防治
　　生物防治在食用菌上还处于起步阶段，但应用前景乐观，是实现无公害食用菌生产的关键技术。利用细菌制剂如苏云金杆菌可防治螨类、蝇蚊、线虫，用植物制剂如鱼藤精、烟草浸出液对多种食用菌害虫具有较好的防治效果，抗生素类药剂如链霉素、金霉素防治食用菌上的细菌性病害，效果理想。
　　化学药物
　　化学防治应作为其他方法失败后的一种补救措施，这是因为：
　　⑴食用菌栽培周期短，药物喷施后易在菇体内残留，食后对人有毒副作用。
　　⑵食用菌子实体完全暴露，加上目前选择性农药不多，防治病虫害的农药也会对食用菌本身产生不同程度的药害。
　　⑶影响出口贸易，现在世界各国对各种食用菌的质量检验都非常严格，农药残留将会严重影响菇体的质量信誉和市场竞争力。所以，农药防治是在万不得已时的一种应急措施，并要遵循农药使用的安全性原则：一是禁用剧毒、残效期长的有机汞、有机磷农药，要用高效、低毒、低残留药剂；二是出菇期间禁用药剂防治。
    1、杀真菌药剂
　　食用菌的病害和竞争性杂菌大多是真菌引起的，它们对药物的敏感程度有许多相似之处，多采用多菌灵、托布津、苯菌灵、克霉唑、石硫合剂、波尔多液等杀菌剂。但要注意在食用菌栽培的不同阶段，其浓度、剂量都应按规定用量选用，防止发生药害；其次，多种药剂交替使用，以免产生抗药性。
    2、杀细菌药剂
　　漂白粉（次氯酸钙）是食用菌细菌性病害防治最常选用的药剂，如对平菇细菌性黄斑病，可在菇潮间采用漂白粉兑水1:600的药液喷施，也可喷洒0.25-0.30%的甲醛溶液进行防治；或是局部发生较严重的细菌性病害，一般多用兽用抗生素和链霉素、金霉素、庆大霉素等，但一定注意使用浓度，如链霉素和金霉素一般用每毫升200个单位的药剂喷洒防治。
    3、杀虫药剂
　　菇房内发生眼蕈蚊、粪蚊可喷500倍敌百虫；敌敌畏具有熏杀和触杀作用，对菇蝇类的成虫、幼虫和跳虫有特效（但对螨类杀伤力差），但一定要注意平菇对敌敌畏很敏感，浓度稍大就可能产生药害，最好改用敌百虫或辛硫磷；同样，蘑菇对敌百虫敏感，最好改用敌敌畏，而不用敌百虫。若有跳虫和螨类同时发生，用辛硫磷和杀螨剂混配效果较好。另外，用磷化铝熏蒸防治效果也很有效，一般讲，每立方米用2-3片（6.6-9.9克），对大部分食用菌害虫都有很好的杀灭效果。熏蒸后菇房密闭48小时后，要开窗通气3小时以上，确定无余毒后才可入内。注意一定确保人身安全。