一、选用优良的抗病虫菌种。
　　二、栽培菇房位置的选择
　　菇房必须建成南北长条形，这样有利于通风透气。同时要注意菇房周围的环境卫生，不要把出口处建在靠近堆肥舍和畜舍的地方。要远离酿造酒曲厂，否则容易感染杂菌。
　　三、栽培房的消毒
　　栽培房使用前一天必须进行熏蒸消毒灭菌。其具体方法为：
　　1、甲醛高锰酸钾熏蒸
　　一般每立方米的室间需用40%甲醛8毫升，高锰酸钾5克气化熏蒸，也可以每10平方米使用福尔马林原液210毫升，生石灰210克，浓硫酸21毫升。要注意先加石灰、福尔马林，最后加入浓硫酸，加入后立刻气化。熏蒸时，要注意把门窗缝漏处糊起来。
　　2、二氧化硫熏蒸消毒
　　方法是在栽培室内燃烧硫磺，用它所产生的二氧化硫来消毒。在室内放一个陶瓷容器，其上放纸或刨花，再加上硫磺，然后把纸或刨花点燃，进行熏蒸。因为二氧化硫气体比空气重，一旦发散成气体，就会下沉，所以燃烧硫磺的容器最好放在栽培室的上方。这种气体会腐蚀金属和衣服，消毒时必须注意。
　　3、漂白粉消毒
　　高效的漂白粉即是氯化石灰、氯化镁，含有效氯量40%—80%左右。使用方法是1克的漂白粉加1.8升水，静置1—2小时，取其上清液在室内全面喷雾，每平方米喷施1升。菇房内外，栽培架都要用5%的硫酸铜溶液全面喷射。
　　四、栽培管理
　　1、温度和湿度的调节高温、高湿是杂菌繁殖生长的最好环境条件。外界气温高时，菇房的相对湿度要降低，一般要求控制在85%—90%左右，如果湿度太高，各种霉菌发生迅速，势必影响金针菇的产量和质量。还要注意菇房通风换气，保持室内空气新鲜。
　　2、清除污染瓶、袋，在菇房里被杂菌污染了的瓶、袋必须及时清除出房外，烧毁或深埋，绝不能在菇房里挖瓶或掏袋。否则，杂菌孢子会扩散到整个菇房，进而污染其他的瓶、袋。
　　3、每批金针菇收获后，房间必须进行清洁、熏蒸消毒。
　　4、栽培管理用水可以加入漂白粉、土霉素，可以防治病害杂菌的发生。
　　五、及时杀灭害虫
　　危害金针菇的害虫主要有菇绳、尖眼蕈蚊、螨类。温度升高时，这几种害虫发生特别厉害。在菌丝蔓延期间，只要见成虫飞出就要用杀虫剂防治。敌敌畏是理想的药物，马拉硫磷、二嗪农、除虫脲或溴氰菊酯都可以用。有菇蕾发生时，即应停止使用。