在黑木耳生产过程中常常有杂菌和病虫害发生影响生产和黑木耳质量，特别是在高温和适宜温度季节，病虫害的发生及危害是黑木耳栽培中的大敌，因而，防治病虫害工作十分重要，应予重视并作好防治的工作。
　　(一)常见杂菌及防治措施
　　黑木耳的病害主要表现为杂菌的侵染，常见杂菌有：
　　1．木霉：木霉污染，初期菌丝为白色，后逐渐产生绿色孢子而变成浅绿色，进而成为深绿色。木霉主要发生在菌种瓶（袋）未萌发的料内和没有彻底清除的耳基上，若不及时处理，扩大蔓延很快，病区木耳菌丝不能生长或生长不良。
　　防治措施：培养基灭菌要彻底，菌袋出耳期间发生木霉，可先将菌袋置于阳光下晾晒1~2天，再用0.2%或0.1%高锰酸钾或0.2%多菌灵溶液喷洒消毒。
　　2．毛霉生根霉：初期为浅白色在25~35℃条件下，其菌丝及假根长入培养基后向上伸出较长的孢子柄，顶端为黑色孢子襄。其危害是隔绝氧气，争夺养分和水，分泌毒素，影响黑木耳菌丝的生长。
　　防治措施：参照木霉防治措施。
　　3．链孢霉：初期菌丝浅白色，菌丝生长速度极快，前期易在袋内产生浅黄色积水，并在袋口或塑料袋破裂处形成白色块状原基，成熟后变为桔红色粉状孢子。链孢霉主要危害是与黑木耳菌丝争夺营养。多在生产木耳菌袋时发生，对菌袋生产威胁很大。
　　防治措施：黑木耳菌袋生产，尽可避开高温季节，在接种方法上宜采用套袋法，避免菌袋间互相污染。发现链孢霉应及时捡出。并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
　　(二)常见虫害及防治措施
　　代料栽培黑木耳害虫的危害较少，在菌种生产和栽培室常见到的害虫有：
　　1．线虫 线虫是一种无色的小蠕虫，体形很小，仅1毫米左右，需在显微镜下观察。线虫危害木耳菌丝，使培养料产生一种暗色潮湿没有木耳菌丝的病区，常产生刺激性的气味。用甲基臭熏蒸可以杀死线虫，浓度为每小时600毫克/升。
　　2．跳虫 跳虫是一种弹尾目的昆虫，看起来好象烟灰一样，又叫烟灰虫。危害食用菌的主要是紫跳虫，跳虫体长2—3毫米，全身紫黑色。主要危害子实体。如栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊脂（1:500~2000）。
　　(三)常见“病”害及防治措施
　　黑木耳的“流耳”（又名“醣性耳”或“水烂耳”）是细胞充水破裂的一种生理障碍现象。黑木耳在接近成熟时期，不断地产生担孢子，消耗子实体里面的营养物质，使子实体趋于衰老，此时遇到过大的湿度极容易溃烂。在温度较高，特别是湿度较大，而光照和通气条件又比较差的环境中，子实体常常发生溃烂。受细菌和害虫的破坏也是造成耳片溃烂流失的原因。在子实体生长时期，要加强管理，及时采收。除搞好预防之外，可试用25单位/亳升浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾，防止“流耳”。如果已经出现“流耳”，应当及时把木耳采摘下来，快速干制，以减少损失。流耳用小刀刮除，用毛刷蘸水洗刷流耳部位，清除粘附于耳上的胶质物，以利幼耳生出。否则，不易生耳。
　　(四)病虫害的综合防治
　　防治黑木耳的病虫害，要贯彻“以防为主，综合防治的植保方针，实行综合防治。在栽培生产中，应当加强实地观察，探索、研究和掌握病虫害的发生、发展和危害规律，以便采用相应措施，做好防治工作。
　　上面讲到的几种杂菌、害虫及病状的发生与危害，具有一个比较普遍的共性，即大多数喜欢生活于温度较高、湿度较大、光照不足、空气不新鲜的环境中。采取综合措施防治病虫害，应努力做好以下工作：
　　首先，应当尽可能选择良好的栽培场所，严格加以清理，保持卫生，减少病源，给黑木耳创适宜的生活环境。
　　其次，要大力提倡早接，使黑木耳菌丝体优先占据培养基，减少杂菌的入侵机会。实践证明，凡提早接种栽培的耳袋，出耳率高，生长发育快，杂菌少；而晚接种的耳袋，杂菌往往很严重。
　　再次，要加强科学管理，调节好栽培环境的温度和湿度，注意通风光照程序，加强通风管理，保持栽培场所空气清新。要不断地割除耳场的茅屋草，清扫害虫躲藏的地点，使害虫和杂菌不易繁殖。若在耳场四周挖一道小沟，灌注清水，对防止害虫入侵有一定效果。经常晾晒耳袋，可以用紫外线杀灭虫卵和杂菌孢子。轻度发生杂菌耳袋可涂刷1~3%生石灰液，也有防止杂菌入侵的作用。同时还要注意及时采收成熟的黑木耳，以防成熟过度自隔分解，引起病害蔓延。
　　综上所述，加强人工管理，不断地革新栽培技术，是防治害虫、杂菌的一个有效措施。只有在十分必要时，才可施用化学药剂。施用的药物要考虑不防碍黑木耳的正常发育，且施药后黑木耳无残毒。
　　如果栽培场所已经发生了害虫，可试用安全有效地低毒低浓度的药剂进行防治，做到“治早、治小、治了”，把害情控制在最小的范围之内。现在已经被应用于防治黑木耳害虫的农药有：敌敌畏、敌百虫、滴滴涕、乐果、鱼藤精、鱼藤粉、三氯杀螨砜、退菌特、马拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉、生石灰及茶籽饼等。这些药物的杀虫效果都很好。在配制和施用时，要按照该药的使用说明进行，不可随意加大浓度，否则，不仅影响黑木耳生长发育，还会留下残毒。施药最好是在采耳之后进行，避免黑木耳直接承受药液，减少药害。
　　耳袋上的害虫较多时，应设法驱防，减少危害。把耳木放进清水里浸泡几个小时，能够浸除耳木上的害虫。