苦草的苗期虫害主要是水蚯蚓，特别是在淤泥肥厚的池塘，往往造成出苗率很低，使用呋喃丹拌土 毒杀或拌种，有一定效果；把播种水位调至40-60cm，可有效控制水蚯蚓数量、抑制其危害；苗期还 应注意防止草食性的鱼类、家畜、家禽危害。苦草开花期，主要为蚜虫危害，使用敌敌畏800倍液或 氧化乐果1000倍液喷洒防治，效果良好。到目前为止，未见苦草存在其他病虫害。