对病株超过0.25的棉田采取人工拔除病株，挖除病土，或选用16%氨水或氯化苦、福尔马林、90-95%棉隆粉剂等进行土壤熏蒸或消毒。一般在6-7月发病高峰期以病株为中心，每m2内打深为20cm的孔25个，每孔中灌入氨化苦5ml共125ml，边灌边覆土踏实、泼水，防其蒸发，再用粗二二乳剂120倍液或含氨6%以上的氨水1∶9溶液5L进行铲除，可消灭病点中的枯黄萎病菌，一般每m2病点灌药液45L。也可用90%-95%棉隆每667m2用有效成分3.6kg处理土壤。