畦床除了各种霉菌感染外，虫害也是一种主要的危害因素，应加强防治与管理。虫害种类比较多，现具体介绍以下几种：
　　(一)线虫
　　1．形态特征
　　危害灵芝的病原线虫体长1毫米左右，白色透明，体形圆筒形或线形，两端尖细中间略粗，外形似蛇则，有头、颈、腹、尾之分。
　　2．生活习性
　　线虫多寄生或半寄生，喜温暖湿润的环境，生活经卵、幼虫、成虫三个阶段，畦床湿、粘、臭时易发生线虫。 3．危害特征 以幼虫刺取菌丝养分，也为其他病菌创造条件，从而加速或诱发各种病害，致使培养基质变黑，发粘，菌丝萎缩或消失。
　　3．防治措施
　　(1)芝场选择排水条件好，土壤渗水强，积水少的地方，减少适合线虫的生长条件；
　　(2)在芝场四周或地面喷洒1：1000倍的敌百虫液，也可用浓石灰水或漂白粉液进行喷雾；
　　(3)保持畦床环境卫生，控制其他虫害的入侵，切断线虫的传播途径。
　　(二)螨类
　　1．形态特征
　　螨类体形小，要用放大镜才能看清楚。体呈圆形或卵圆形，体长约0.2-0.7毫米，体色多样。体躯分领体和躯体两部分，有足，有肛门和生殖孔。
　　2．生活习性
　　螨类喜栖温暖、潮湿的环境，发育、繁殖的温度为18-30℃，湿度大的环境中繁殖速度很快，培养料、禽畜躯体及老菇房等都是螨类的重要虫源。它以霉菌和植物残体为食物。
　　3．危害特征
　　螨类吸食灵芝菌丝，使菌丝发生萎缩，变色，甚至消失，严重时培养料中菌丝被全部吃光，造成栽培失败。
　　4．防治措施：
　　(1)畦床场地要选择远离仓库、饲料间，禽舍等地方，杜绝虫源侵入；
　　(2)每立方米畦床用磷化铝10克、熏蒸72小时，能有效地杀死蜗类；
　　(3)菌丝培养期间可用菇保粉撤放场地上，每500克药粉可处理20平方米培养场地，每25-30天处理1次；
　　(4)菌袋有螨类发生侵害时，覆土前可用棉花蘸少许50％的敌敌畏，塞人袋内进行熏杀，螨类危害严重的菌捧要及时予以废弃，以免螨虫繁殖增多。
　　(三)白蚁
　　1．分类地位：白蚁俗称白蚂蚁，隶属昆虫纲，等翅目。
　　2．常见种类：家白蚁、黑胸散白蚁、黄胸散白蚁、黑翅土白蚁、黄翅大白蚁等。其中以黑胸散白蚁和黑翅土白蚁危害较多。
　　3．形态特征：有头、胸、腹之分，有触角，有翅，全身有颇密的毛。
　　4．生活习性：生活温度为10-30度，进行群体活动。喜酸性土质，视觉退化，靠嗅觉觅食。白蚁的营养源主要是木材，还有杂草、颜草等纤维质腐物。
　　5．危害特征：白蚁危害时主要蛀食段木，并侵入木质内部，且轻而易举地蛀空培养料畦床，危害严重时可发生几十群甚至数百群蚁群，对灵芝生长和产芝量影响极大。
　　6．防治措施：
　　(1)选好芝场，避开蚁源；
　　(2)芝场使用过程中及时清除枯枝朽木、杂草败叶及无用杂物，减少适合白蚁生存的环境；
　　(3)畦床使用前撤放白蚁粉毒杀和驱赶白蚁，清除白蚁后再进行栽培。
　　(四)黑腹果蝇
　　1．形态特征
　　成虫黄褐色，腹未有黑色环纹，腹眼有红白变形，后翅退化为平衡棒，背面前端有一对触角丝，幼虫乳白色，无胸足及腹足，蛆状。
　　2．生活习性
　　该虫喜欢在腐烂水果和发酵培养料上产卵繁殖，最适生长温度为20-25℃，1年发生多代，每代12-15天，温度超过30度时成虫即不育而死。
　　3．危害特征：
　　(1)幼虫取食菌丝和培养料，使菌块表面发生水渍状腐烂；
　　(2)成虫可携带霉菌、线虫、螨类等病虫害。
　　4．防治措施：
　　(1)畦床荫棚要封闭严密，防止成虫飞人产卵为害；
　　(2)每隔5天以1：1000倍80％敌敌畏溶液喷洒畦床四周，防止成虫和幼虫的发生。