南京农业大学水稻研究所1998年成立，依托“作物遗传与种质创新”国家重点实验室，主要从事水稻遗传育种、品种资源、种质创新、生物技术和品种改良新技术新方法等应用基础研究工作，科研力量雄厚，现在岗科技人员教授6名，副教授3名，讲师5名，其他研究人员2名，博士后2名，在读博士32名，硕士57名，具有从事遗传育种、分子标记、基因克隆和转基因等研究工作的能力，此外拥有温室、网室、人工气候生长箱和200多亩的灌排方便的试验田，以及南繁基地，具有坚实的硬件基础。

先后承担国家863、国家自然科学基金、转基因专项、科技成果转化项目、跨越计划等科研项目，在研项目30余项。先后发现并精细定位了水稻广亲和基因6个，水稻休眠性基因4个，耐贮藏基因1个，谷蛋白基因4个，γ氨基丁酸合成相关基因1个，耐直播特性（茎粗和根粗）基因各1个和抗倒伏基因1个，并登录成功，部分基因已进行了克隆。迄今已在TAG、Crop Science等刊物上发表论文140多篇。获农业部科技进步二等奖1项，国家教委科技进步二等奖2项，中国高校自然科学一等奖1项，中国农科院科技进步二等奖2项，获得专利3项，申请专利3项，获得新品种权保护4项。申请新品种权保护6项，审定新品种（组合）4个，新品种（组合）累计推广面积有600多万亩。目前，现有8个优质、高产水稻新品种，参加江苏、安徽省和国家区试。