顺治二年(1645年),李自成战死后,李来亨跟随李过、高一功等大顺军主将联明抗清,李、高殉难后,李来亨率数万部众入川、鄂边缘,与郝摇旗、刘体纯会师,组成了夔东十三家,于顺治八年(1651年)驻军兴山的百羊寨、茅麓山等地屯耕山田自给。顺治十二年(1655年)在百羊寨修建了圣帝行宫,树有“圣帝行宫之碑”。康熙元年(1662年),清廷调集三路大军数十万,围攻夔东十三家。李来亨在兴山的万朝山、茅麓山、百羊寨等地屡败清军,此时各抗清武装先后失败,李来亨援绝粮尽,于康熙三年(1664年)八月,遭叛徒引路偷袭,李来亨举家0。
李来亨抗清遗址是大顺军抗清的实物证据,大部分保存较好,古道与桥梁沿用至今。这些遗存,对清初汉民族抗清史的研究有重要价值。李来亨抗清遗址为全国重点文物保护单位。