遗址内涵分为二期。一期（下层）为仰韶文化遗存，命名为仰韶文化庙底沟类型。二期（上层）遗存属仰韶文化向龙山文化过渡性质的遗存，命名为庙底沟二期文化，它是承袭仰韶文化发展而来，又发展为河南的龙山文化。已出土仰韶文化和龙山文化陶器上千件，在中国考古界引起轰动。

　　庙底沟遗址的发现，解决了仰韶文化和龙山文化的分期，更重要的是解决了仰韶文化和龙山文化之间的关系。从而证明，中华民族的祖先从远古时代起经过仰韶文化、龙山文化直至商周，在黄河流域不断地发展并创造了高度的文明，为研究中国古代文化的发展提供了重要的实物例证。

　　庙底沟遗址为全国重点文物保护单位。