1950年5月,祖印寺宇一度用作国家粮库。虽佛事中断,但寺院幸存。1986年,政府耗资近50万元,迁粮库,修殿宇,寺貌重现,改作市博物馆。1994年,政府又迁博物馆,从而恢复寺院佛像,重开佛事活动。当年6月,礼请宁波阿育王寺74岁高龄化通法师来寺住持。历经三年艰苦整修,寺院建筑焕然一新。十八罗汉,五百罗汉、文殊、普贤、地藏、观音、弥勒、韦驮等新塑像巍峨庄严,栩栩如生。最有特色的文物和佛教艺术品,一是象徵着香火日盛的镇寺之宝——祖印宝鼎,高达3.4米,重1.5吨;二是1995年从缅甸迎请来的玉观音坐像,高2.2米,重2吨多,玉质精细优良,雕刻工艺精美,形态端庄大方,现供奉于后大殿;三是大雄宝殿的建筑艺术和塑像。大雄宝殿高17.5米,达深19米,宽29.6米。总面积564平方米,重檐歇山顶,上檐九彩斗拱,五架抬梁,建筑艺术高超精致。殿内主供三世佛像。正中供奉释迦牟尼佛,左右有迦叶尊者、阿难尊者护持。东西两侧沿壁塑有十八罗汉像和五百罗汉像。