至元十六年(公元1279年)前后,由闽浙船民出资在原地增修屋宇殿堂,改佛院为专门奉祀海神妈祖的道场,世称海神娘娘庙。这是当时北方沿海地区的第一座妈祖庙, 同时也标志了妈祖信仰北传的开始。明代,随着香火与声名的日益隆盛, 庙岛妈祖庙实际上已成为了当时我国北方沿海地区的妈祖信仰与妈祖文化的传播中心,其影响不仅遍布黄渤海沿岸的海口与内河,而且远播于朝鲜和日本,以至于“沙门岛”的古称也被“海神娘娘庙岛”所取代。明崇祯元年曾下诏立官庙,山东左都督杨国栋奉旨对妈祖庙进行了大规模的扩建,崇祯皇帝御赐匾额“显应宫”。至此,庙岛显应宫(妈祖庙)的声名与规模达到了鼎盛。清代历经康熙、乾隆、道光的累世增修扩建,显应宫的范围日趋庞大,形成了以显应宫主体建筑为中心,以三元宫、关帝庙、龙王庙、玉皇庙.......等八大庙宇为辅翼的一组古庙群。改革开放以来,长岛县先后三次对庙岛显应宫进行了大规模的维修改造,基本恢复了显应宫的历史原貌。这里常年香火不断,每年的元宵节和娘娘生日,显应宫便有万余人朝拜。
妈祖庙之所以建于庙岛,是因为庙岛形若凤凰,其身北的烧饼岛形如太阳,两岛相映,状若“丹凤朝阳”,属上上风水宝地。1969年文革期间原庙被毁,仅存一象一镜。1983年重修,1985年对游人开放。在此还可以观赏关帝庙.