1845年(道光二十五年)大修,分天王殿、罗汉堂、圆通宝殿,并有钟楼、僧寮。历百余年,损毁严重。1965年修葺,1981年修复圆通宝殿。
“圆通宝殿”,即观音宝殿(相传观音菩萨圆通而证大道,故亦称圆通大士)。现殿高9.4米,长宽各19米。朱椽筒瓦,飞檐雕亮,大殿正中,按唐代造像特征,塑有头戴毗卢帽的观音像一尊,称“毗卢观音”。佛像贴金,端坐莲花台上,男性女相,慈眉善目,善才、龙女侍立两侧。三十二化身观音分列大殿左右,佛像后壁另塑脚踏鳌鱼的化身观音一尊。
1985年恢复宗教活动,僧众上山接管寺产、殿正职中重塑毗卢观音,贴金佛像端坐于莲花台上,佛象连台高8米,善才、龙女分列两侧;三十二化身像分列大殿左右两旁。塑象造型各异均精雕细琢。宝陀禅寺为闻名遐迩之古刹,明清文默客多有题咏。明王炳诗:“海外传补陀,此间复有寺;海外僧延宾,此间僧种莳。一佛分荣枯,两山各争翠。"隐喻宝陀寺的史事。今日宝陀寺已复成为佛教信徒的朝拜之地。