郭札沟自然保护区位于青藏高原东北边缘，迭山山脉以北，甘南藏族自治州卓尼县的西南部。地势由西南向东北倾斜，海拔2800米-3630米，沟谷峡窄，平均坡度28度，由南向北蜿蜒伸展，南北长15千米，东西宽约3千米，面积2509平方米。